Lietuvoje, praėjus ir 10 metų po Nepriklausomos valstybės atstatymo ir toliau dominuoja XX a. pradžioje susiformavusi nacionalistinė (monoetninė) pasaulėžiūra, pagal kurią visi Lietuvos piliečiai yra skirstomi į savus (lietuvius) ir svetimus (lenkus, žydus, rusus, čigonus etc.). Tokio požiūrio išraiškų yra visose Lietuvos gyvenimo sferose: ekonomimame gyvenime, kultūroje, monoetninė terminologija dominuoja ir nemažos Lietuvos politikų frazeologijoje bei priimant svarbius Lietuvos gyvenimui politinius sprendimus. Nors formaliai yra deklaruojami svarbiausi Lietuvos užsienio politikos tikslai: stojimas į ES ir NATO, šios institucijos suvokiamos siaura technokratine prasme, visiškai eliminuojant demokratinės ir atviros visuomenės plėtros momentąbei tą faktą, kad minėtos organizacijos, į kurias siekia stoti Lietuva yra ne tik ekonominės, gynybinės struktūros, tačiau ir institucijos, turinčios savų moralinių vertybių kodeksą.
Monoetninė, etnocentrizmu pagrįsta dominuojanti pasaulėžiūra Lietuvoje yra svarbia kliūtimi ne tik siekiant globalinių tikslų, tačiau ir rimtas kliuvinys sprendžiant aktualias dabarties problemas. Lig šiol nenorima kalbėti apie lietuvių dalyvavimo holokauste faktą, vien tik neigiamomis spalvomis vaizduojamas antihitlerinis 1enkų bei sovietinis pogrindis Lietuvos teritorijoje ar Vilniaus krašte. Šiame kontekste įvienąvisuma susilieja ne tik Lietuvoje dominuojantis antirusiškumas ar antilenkiškumas, tačiau ir kitas daugelio Vidurio Europos šalių būdingas antisemitizmas (Kembridžo profesoriaus Jonathan Steinberg įvardintas kaip antisemitizmo be žydų reiškinys). Yra akivaizdu, kad visi šie negatyvūs reiškiniai turi bendras ištakas. Jų ieškotina lietuviškame nacionalizme, kurio viena sudėtinių dalių yra ir antisemitizmas [Nacionalizmo ir antisemitizmo sąsajos Rusijos imperijos pavyzdžiu gerai atskleistos: Klier John D. Imperial Russia's Jewisch Question 1855-1881, Cambridge, 1995; Rogger Hans, Russia in the Modernization and Revoliution, 1881-1917 arba Frakel Jonathan, Propecy and Polilics. Socialism, Nationalism and Russian Jews, 1862-1917,Cambridge, 1981 darbuose].
Šios problemos, pasaulėžiūros keitimo būtimas tik palaipsniui yra suvokiamas Lietuvoje, tačiau nemaža dalis visuomenės pasaulėžiūrą galinčių įtakoti veikėjų neturi teorinio pasiruošimo, reikalingo šiems procesams įtakoti, šiai problematikai suvokti stinga visų pirma mokslinių studijų.
Istorikai pastaraisiais metais daugiausiai dėmesio skyrė etnopolitinių konfliktų (pirmiausia lietuvių-lenkų) analizei. Tačiau iki pastarojo meto šių konfliktų analizės pateikimas istorikų ar publicistų darbuose dažnai turėjo ir kitą tikslą išryškinti lenkų, kaip visuotinio blogio lietuvių tautai vaidmenį. Dar blogiau atsitiko su lietuvių ir žydų santykių praeityje įsivaizdavimu. Visuomeninėje sąmonėje žydų ir lietuvių santykiai iki 1940 metų buvo vaizduojami kone kaip idealūs. Po 1990 metų Lietuvos visuomenę sukonfrontavus su jos monoetninėms pažiūroms neatitinkančiais žydų bendruomenės išžudymo Lietuvos teritorijoje, aktyviai dalyvaujant patiems lietuviams, faktais visuomenė jos pažiūru neatitinkančią informaciją ignoravo, kartu sukurdama gynybinę dviejų genocidų teoriją.
Tokiu būdu istorinės praeities klausimas virto politine šiandienos problema, kurią reikia neatidėliotinai spręsti, inicijuojant naujus mokslinius tyrimus, ugdant naują, laisvą nuo pasenusių ideologinių nuostatų, mokslininkų kartą, kartu mokslinių tyrimų būdu gautas žinias propaguojant Lietuvos visuomenėje.
Manytume, kad įtakos nedominuojančių etninių bendruomenių raidai bei bendrai etninių konfliktų dinamikai turėjo: pirma, agrarinės struktūros dominavimas Lietuvos visuomenėje bei santykinai lėti modemizacijos tempai XIX a. - XX a. pradžioje ir to pasekoje gerokai vėluojantys modernios lietuvių tautos kūrimosi procesai; antra, modemių ideologijų (pirmiausia, nacionalizmo) išplitimas, sąlygojęs perėjimą nuo polietninės prie monoetninės visuomenės modelio, kurį užbaigė lieiuvių tautinės valstybės sukūrimas; trečia, didžiųjų valstybių realpolitik Lietuvos atžvilgiu, kurios išdavoje Lietuvai bei jos gyventojams dažnai teko intrigų objekto vaidmuo; ketvirta, Lietuvos Respublikos tautinė politika.
Minėti veiksniai lėmė skirtingas nacionalizmo raiškos formas Lietuvoje. Jeigu iki pat XX a. 34 dešimtmečio sandūros lietuvių visuomenę galima charakterizuoti kaip ištimtinai antilenkišką bendriją, tai spartėjant modernizacijai XX a. 4 dešimtmetyje antilenkiškąjį komponentą tautinėje ideologijoje pradėjo spausti gimstantis modernusis (ekonomiškasis) lietuvių antisemitizmas. Ar modernusis antisemitizmas laikytinas viena iš žydų bendruomenės sunaikinimo Lietuvoje 1941 m. pradžia ir priežastimi ar tragiškos vienos etninių mažumų Lietuvoje likimą lėmė specifinės vokiečių okupacijos sąlygos -būtų tik vienas projekte analizuojamų problemų. Šiuo aspektu situacija Lietuvoje analizuotina diskusijų J. Goldhagen knygos kontekste.
Antra vertus, lietuvių nacionalizmą sąlygojo ir išoriniai geopolitiniai veiksniai. Modemią lietuvių tautą bei valstybę didele dalimi įtakojo Rusijos ir Vokietijos imperinė politika, ypač tos politikos antilenkiška tendencija. Tiek Rusijoje, tiek Vokietijoje į Lietuvą buvo žiūrima kaip į vieną iš potencialių atsvarų Lenkijai, ir tai programavo lietuviškojo nacionalizmo ypatybę - antilenkiškumą. Tokiose aplinkybėse lietuvių tauta formavosi nepilnos socialinės struktūros (prarasdama savo polonizuotą elitą - bajoriją), o susikūrusi Lietuvos valstybė tapo Vokietijos ir Rusijos reakcijos prieš jų imperializmą ribojusią Versalio sistemą įrankiu. Išdavoje Lietuvos modernioji valstybė galėjo egzistuoti tik permanentinio karo stovio sąlygomis - tiek vidaus, tiek išorės požiūriu. Lietuvos vyriausybės politika palaikyti pilietinio susitarimo struktūras su kitataučiais, visų pirma su žydais, buvo viena iš priemonių kompensuoti Lietuvos valstybės trūkumus ir tuo pačiu gauti legitimaciją iš pasaulio bendruomenės, ypač iš Vakarų demokratinių valstybių. Mažėjant galimybei sulaukti tarptautinės bendruomenės paramos sprendžiant Lietuvos problemas - ypač Vilniaus klausimą - smarkiai siaurėjo ir pilietinio susitarimo su kitataučiais erdvė.
Tad atsakymo lauktų klausimai: kokiu laipsniu Lietuvos valstybės egzistavimo pradiniame etape Lietuvos vyriausybės planai suteikti žydams plačią autonomiją stabdė nacionalizmą bei abipuses fobijas, kiek tų planų nesirealizavimas paskatino abipusį lietuvių ir žydų nepasitikėjimą ir kiek tas nepasitikėjimas bei nusivylimas galėjo prisidėti prie II pasaulinio karo metu Lietuvą ištikusių tragedijų.
LII mato būtinybę imtis kompleksiškai tyrinėti tautų santykių raidą modemioje Lietuvoje bei tos raidos tragišką atomazgą hitlerinės okupacijos metais. Tam yra parengtos dvi savarankiškos, bet tarp savęs koreliuojančios tyrimo programos: Lietuvos visuomenės modemizacija ir etniniai konfliktai. (Nedominuojančios etninės bendruomenės Lietuvoje XIXXX a. pirma pusė) ir Lietuva IIajame pasauliniame kare.
Šiomis programomis iš esmės siekiama prisidėti prie Lietuvos Respublikos Prezidento sukurtos komisijos nacių ir sovietų uždavinių realizavimo. Išplėstas tyrimo objektas turi tikslą rengti tyrinėtojus, universitetų dėstytojus aktualioms visuomenės problemoms tyrinėti ir šiųtyrinėjimų rezultatams skleisti Lietuvos visuomenėje.
Programų vykdymas numato įvairias formas: seminarų bei konferencijų organizavimą, daktarinių disertacijų ruošimą, tyrimo rezultatų publikavimą (straipsnių, monografijų), Prezidento komisijai reikalingų darbų rengimą.
Be to, paraleliai minėtoms programoms LII vykdys kompleksinį dokumentų publikavimą, siekiant atspindėti tiek moderniosios Lietuvos vidaus, tiek ir išorės aspektus.